Científicos británicos dicen que la próxima variante peligrosa de covid probablemente ya está aquí. Simplemente no lo sabemos todavía
Cambridge, Inglaterra (CNN) — Casi un mes después de un tercer cierre a nivel nacional, la mayor parte de Inglaterra parece estar en hibernación: las tiendas están cerradas, las calles principales están desiertas y los trenes están casi vacíos. Pero en un pequeño pueblo en el campo cerca de Cambridge, en el este de Inglaterra, hay un hervidero de actividad.
Con batas blancas de laboratorio y máscaras quirúrgicas, el personal aquí corre de máquina en máquina: robots y computadoras gigantes que son tan pesadas que están sobre placas de acero sólido para soportar su peso.
El personal del Instituto Sanger es mucho más que trabajadores esenciales; en este momento, están haciendo algunos de los trabajos más importantes de la Tierra: secuenciar genéticamente el coronavirus. Internamente, se llama «Proyecto Heron».
El proyecto de trabajo intensivo, que involucra a cientos de personas, se está llevando a cabo justo al final de la calle del pub de Cambridge al que Francis Crick entró en 1953 para declarar que había «encontrado el secreto de la vida»: la estructura del ADN.
Hoy, ese descubrimiento está permitiendo a los científicos detectar mutaciones peligrosas en el código genético del coronavirus que podrían hacer que la pandemia sea peor de lo que ya es.
Secuenciación a escala industrial
Todos los días, las camionetas llegan al Instituto Sanger con cajas llenas de muestras de virus de todo el Reino Unido. Las cajas verdes se cargan en un congelador sin cita de tamaño industrial, instalado en el estacionamiento.
En este punto, no hay más hisopos de algodón. Las muestras, tanto positivas como negativas, están en una solución de lo que queda después de la prueba inicial. Los científicos no necesitan mucho.
Dentro del laboratorio, un robot está programado para tomar solo las muestras positivas de un plato pequeño de plástico parecido a una lata de muffins y consolidarlas en una bandeja separada que se sella a mano.
Cientos de muestras terminan consolidadas en un solo vial. En otro laboratorio, se agregan productos químicos y se agitan con una pequeña máquina, luego se presionan entre dos piezas de vidrio. La placa de vidrio se coloca en uno de los secuenciadores gigantes, una máquina ruidosa que parece una fotocopiadora de alta tecnología.
Uno de los congeladores que se organizaron temporalmente en el parqueadero del Instituto Sanger para almacenar las miles de muestras de pruebas de covid-19 que llegan de todo el Reino Unido cada semana.
Quince horas más tarde, la computadora escupe tantos datos genéticos que se han construido granjas de servidores enteras fuera del sitio para albergarlos. De principio a fin, el proceso dura unos cinco días. Se secuencian alrededor de 10.000 muestras cada semana solo en este laboratorio, alrededor de una cuarta parte del número total secuenciado a nivel mundial.
Luego viene la parte difícil: revisar todos esos datos.
Un científico del Instituto Sanger prepara muestras de covid-19 para secuenciarlas. Más de 700 muestras positivas son secuenciadas en una sola máquina, lo que toma unos 5 días.
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«Estamos buscando mutaciones que puedan permitir que el virus sea más transmisible o que cause una enfermedad más grave, y en particular ahora que las vacunas están comenzando a implementarse a nivel mundial, estamos buscando mutaciones potenciales que pensamos que podrían afectar la capacidad de las vacunas para proteger a las personas», dijo Ewan Harrison, un microbiólogo que está ayudando a coordinar la red de científicos que trabajan en la operación del genoma del covid-19 en el Reino Unido.
Harrison explica que si se secuencia una cantidad suficiente de la población, se puede ver cómo el virus se ha movido a través de la comunidad y dónde ha habido grupos de infecciones, incluidos los eventos de súper propagación. «Eso es realmente poderoso… eso es realmente la esencia de la secuenciación viral», dijo.
Harrison ha desempeñado un papel de liderazgo en el Consorcio del Genoma de Covid-19 del Reino Unido (COG-UK), un equipo de cientos de científicos en universidades y laboratorios de todo el país que surgió al comienzo de la pandemia, que trabajan al unísono para crear y hacer sentido de la secuenciación de los datos genéticos.
Encontrar la variante del Reino Unido
Hace menos de dos meses, esa red de científicos y la creciente montaña de datos genéticos de Gran Bretaña ayudaron a identificar y rastrear la propagación de la variante que ahora se ha vuelto dominante en el Reino Unido. Fue vista por primera vez en Kent, un condado rural que también tiene algunas de las comunidades más desfavorecidas del sureste de Inglaterra.
«No todas las personas en Kent estaban celebrando fiestas en casa y yendo al mismo supermercado», dijo a CNN el portavoz de Salud Pública de Inglaterra, Ruairidh Villar. Sus colegas científicos rápidamente descartaron el mal comportamiento.
Y, sin embargo, los recuentos diarios de casos continuaron aumentando en todo el condado, incluso mientras disminuían en la mayoría de las otras partes del Reino Unido, que estaba bajo confinamiento nacional.
Encontraron al culpable en la base de datos genómica del Reino Unido, que en ese momento cubría aproximadamente una de cada 10 muestras positivas de covid-19 en el país.
La cepa rebelde del virus, llamada B.1.1.7, había estado circulando en Kent desde al menos septiembre. Se propaga entre un 30% y un 70% más fácilmente que el virus original, según el asesor científico principal de Gran Bretaña Patrick Vallance.
No pasó mucho tiempo para que B.1.1.7 se detectara en la capital y en todo el país. Ahora se ha detectado en al menos 70 países y en la mayoría de los estados de EE.UU. Los CDC dicen que podría convertirse en la cepa dominante de coronavirus en EE.UU. en marzo.
El profesor de la Universidad de Cambridge, Ravi Gupta, dijo que, basándose en la rapidez con que se propagó en el Reino Unido, «es probable que suceda lo mismo en Estados Unidos».
Dentro de su laboratorio, Gupta le mostró a CNN un «árbol genealógico filogenético», el equivalente de ancestry.com para el covid-19. En este árbol, B.1.1.7 parece un primo segundo, sacado dos veces, del coronavirus original identificado por primera vez en Wuhan, China. La diferencia genética son 23 mutaciones, pero la verdadera rareza es que B.1.1.7 tiene muy pocos «parientes» cercanos.
«Encontramos muy pocas, prácticamente ninguna secuencia que esté altamente relacionada con la variante B.1.1.7. En otras palabras, surgió de la nada», dijo Gupta.
El profesor Ravindra Gupta, junto con colegas de la Universidad de Cambridge, fue uno de los primeros en identificar la variante británica del covid.
Es poco probable que los científicos encuentren al «paciente cero» de la nueva variante, pero tienen una teoría.
El año pasado, Gupta estaba estudiando a un paciente de covid-19 con un sistema inmunológico comprometido que no pudo eliminar el virus durante más de tres meses. Dentro de un cuerpo que no podía defenderse, el virus tuvo tiempo de mutar mucho más rápido de lo que pasaría de persona a persona en la población.
Gupta comparó el virus de su paciente, que finalmente murió, con la base de datos de secuenciación y descubrió que ya circulaba un virus que compartía una mutación clave con su paciente: B.1.1.7.
«Fue realmente sorprendente verlo», dijo. El paciente no tenía B.1.1.7, pero el volumen de mutaciones dentro de su cuerpo ilustraba a Gupta que es «muy, muy probable» que si hubiera un «paciente cero» de B.11.7, sería una persona inmunodeprimida. Harrison también cree eso.
Fuente: CNN
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